La creación de archivos de documentación para doxygen suelen crearse con la extensión dox, lo cual nos permite separar el código de una documentación ampliada sobre la aplicación. El problema es que github no reconoce esta extensión pidiendonos que creemos un archivo readme.md para documentar los directorios.
La solución que he encontrado, es poner la extensión rst a estos archivos, doxygen generará igualmente la documentación y github no se quejará