Arrancar con livecd por ejemplo System Rescue CD
Listado de particiones
fdisk -l
Verificar que no están montadas
mount
Chequeo de partición
fsck -fvp <partición, ejemplo /dev/sda>
En caso de haber sectores defectuoso badblocks puede intentar arreglarlos
badblocks -svnf <dispositivo> -o salida.log
Si no es sufiente una forma más drastica es reformatear la partición teniendo en cuenta la lista de sectores defectuosos. Con lo cual se perderá todos los datos.
sudo badblocks -sv /dev/sda -o badblocks.log
Y se formatea la partición utilizando la lista de sectores defectuosos
sudo mkfs.ext4 -l badblocks.log /dev/sda4